A poda de ramos e brotações é muito importante no contexto de sistemas agroflorestais e serve a diferentes propósitos.

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• Poda de formação: É feita com o objetivo de direcionar o crescimento das árvores, seja para melhorar a qualidade do tronco (fuste) de uma espécie madeireira ou para facilitar a colheita de uma espécie frutífera.

• Poda de produção: É feita periodicamente em espécies perenes com o objetivo de eliminar ramos ladrões e retirada de ramos em excesso, como é o caso da bananeira e dar a devida manutenção às espécies que produzem frutos apenas no ramo do ano, como é o caso da goiabeira.

• Poda de limpeza: É feita para eliminar ramos indesejados e galhos velhos ou secos.

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As podas também são utilizadas como método de redesenho ou manutenção do sistema como um todo. É possível redesenhar o sistema para privilegiar espécies que deixaram de ser dominantes nos estratos mais altos. Caso seja desejado privilegiar alguma espécie que está no sub-bosque pode-se podar as plantas ao seu redor para que esta receba mais luz. Esse tipo de manejo ganha maior importância quando se aproxima a época de floração da espécie de interesse.

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Como forma de manejo para manutenção do sistema pode-se destacar a importância das espécies adubadeiras, aquelas que foram incluídas no sistema ou mesmo outras que surgiram espontaneamente, que devem ser podadas frequentemente para aumentar o volume de matéria morta sobre o solo e melhorar a disponibilidade de luz.